Kluczową sprawą jest właściwe zidentyfikowanie sprzedawanych bądź wnoszonych składników majątku. Jeżeli intencją stron jest przekazanie zorganizowanej części przedsiębiorstwa to należy zadbać aby „przenoszona” masa majątkowa faktycznie miała cechy zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Wywołuje to bowiem szczególne skutki na gruncie przepisów podatkowych VAT oraz w podatkach dochodowych.
Zarówno ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych jak i ustawa o vat zawierają definicje zorganizowanej części przedsiębiorstwa, wyjątkowo jak na warunki polskiego prawa podatkowego definicje te są w zasadzie  identyczne. Rozpatrując zatem, co stanowi zorganizowaną część przedsiębiorstwa można korzystać z definicji zawartych w obu tych przepisach.
W myśl tych przepisów zorganizowaną częścią przedsiębiorstwa jest organizacyjnie i finansowo wyodrębniony w istniejącym przedsiębiorstwie zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym zobowiązania, przeznaczonych do realizacji określonych zadań gospodarczych, który zarazem mógłby stanowić niezależne przedsiębiorstwo samodzielnie realizujące te zadania.
Na podstawie powyższej definicji można wskazać na trzy zasadnicze elementy, które muszą łącznie występować w zespole składników materialnych i niematerialnych, aby uznać ten zespół za zorganizowaną część przedsiębiorstwa:
- wyodrębnienie organizacyjne i finansowe;
- przeznaczenie do realizacji określonych zadań gospodarczych;
- możliwość funkcjonowania jako niezależnego przedsiębiorstwa samodzielnie realizującego zadania gospodarcze.
I choć definicja wydaje się oczywista to właściwa jej interpretacja często sprawia problemy a transakcja może wiązać się z dużym ryzykiem podatkowym
W niniejszym wpisie odnosimy się wyłącznie do skutków sprzedaży i wniesienia aportem zespołu składników majątkowych jako zorganizowanej części przedsiębiorstwa podnosząc istotę właściwej interpretacji zagadnienia.

Skutki sprzedaży i wniesienia zorganizowanej części przedsiębiorstwa na gruncie Vat.
Sprzedaż oraz wniesienie zorganizowanej części przedsiębiorstwa nie podlega podatkowi od towarów i usług (art. 6, ust. 1 ustawy o podatku od towarów i usług).
Jednocześnie należy mieć na uwadze, że skoro transakcja nie jest objęta podatkiem vat to podlega opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych.

Skutki na gruncie podatku dochodowego:
Zgodnie z ustawą o podatku dochodowym od osób fizycznych wartość wkładu w przypadku aportu generuje u wspólnika przychody z kapitałów pieniężnych (art. 17, ust. 1, pkt. 9 ustawy o PIT), jednocześnie jeżeli przedmiotem wkładu niepieniężnego do sp. z o.o. jest przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część i spółka lub spółdzielnia otrzymująca wkład przyjęła dla celów podatkowych składniki majątku wchodzące w skład tego przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części w wartości wynikającej z ksiąg podatkowych podmiotu wnoszącego ten wkład to przychód osiągnięty z tytułu aportu jest zwolniony z podatku dochodowego (art. 21, ust. 1, pkt 109 ustawy o PIT). Warunkiem zwolnienia jest zatem przyjęcie przez Spółkę dla celów podatkowych składników majątku wchodzących w skład ZCP w wartości wynikającej z ksiąg podatkowych wspólnika. W przypadku środków trwałych chodzi tu zatem o swoistą kontynuację amortyzacji w ramach wyceny aportowanych środków trwałych (16g ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT), a w ogólności o kontynuację podatkową wyceny składników majątku składającego się na ZCP. W praktyce zatem zwolniona z podatku będzie wartość wkładu, która odpowiada bilansowemu kosztowi tego wkładu poniesionemu przez wspólnika, a uwzględnionemu przez spółkę. Jeśli chodzi o wycenę środków trwałych wnoszonych aportem to dokonuje jej podatnik, na dzień wniesienia wkładu, nie wyżej jednak od ich wartości rynkowej (art. 16g ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT). Aport nie musi być zatem wyceniany przez rzeczoznawcę, jeśli podatnik potrafi określić jego wartość rynkową.