Drugim sposobem rozliczania kosztów związanych z używaniem własnych samochodów pracowników do celów służbowych i jednocześnie będącym podstawą zwrotu kosztów jest prowadzenie przez pracowników tzw. kilometrówki, czyli ewidencji przebiegu pojazdu. W przypadku tego rodzaju rozliczenia pracodawca powinien zwrócić pracownikowi należność za liczbę faktycznie przejechanych kilometrów.

Kilometrówka rozliczana powinna być zarówno wtedy, kiedy auta używane są cały czas, jak i gdy tylko sporadycznie. Ewidencja winna obejmować:

imię oraz nazwisko osoby użytkującej auto,
liczbę faktycznie przejechanych kilometrów,
dzień oraz cel wyjazdu,
następny numer wpisu,
charakterystykę trasy i kwotę za kilometr przebiegu,
pojemność silnika i numer rejestracyjny pojazdu,
sygnaturę zatrudniającego oraz jego dane.

Zasady zwrotu kosztów używania prywatnego samochodu do celów służbowych określone zostały we wspomnianym rozporządzeniu. Określone w nim zostały również stawki za 1 kilometr przebiegu pojazdu, które nie mogą być wyższe niż:

dla samochodu osobowego:
o pojemności skokowej silnika do 900 cm3 – 0,5214 zł,
o pojemności skokowej silnika powyżej 900 cm3 – 0,8358 zł,
dla motocykla – 0,2302 zł,
dla motoroweru – 0,1382 zł.

Zaznaczyć należy, iż koszty dojazdu pracownika z domu do pracy nie powinny znaleźć się w ewidencji przebiegu pojazdu, gdyż nie jest to korzystanie z pojazdu na potrzeby działalności gospodarczej pracodawcy. Nie jest to również podróż służbowa. Stawienie się w miejscu pracy należy do obowiązków pracownika.

Kwoty wypłacane pracownikom z tytułu używania przez nich pojazdów prywatnych do celów służbowych na podstawie kilometrówki w zakresie jazd lokalnych podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych jako przychód ze stosunku pracy - niezależnie od wysokości tych kwot. Jeżeli pracownik wyjeżdża w celach służbowych poza swoje stałe miejsce pracy lub poza miejscowość, w której znajduje się siedziba pracodawcy, koszty, jakie ponosi z tego tytułu rozliczane są na podstawie przepisów dotyczących podróży służbowych.

Dla zwolnienia z oskładkowania przebieg pojazdu musi być udokumentowany przez pracownika w ewidencji przebiegu pojazdu, prowadzonej przez niego według zasad określonych w przepisach o podatku dochodowym od osób fizycznych.