Objęcie od 1 stycznia 2021 roku spółek komandytowych podatkiem dochodowym od osób prawnych spowodowało zmiany w sposobie podatkowego rozliczania ich dochodów. Ma to również wpływ na kwestię opodatkowania zaliczek na poczet zysku wypłacanych wspólnikom spółki w trakcie roku.
Co do zasady wypłata dywidendy na rzecz komandytariusza podlega opodatkowaniu zryczałtowanym podatkiem dochodowym w wysokości 19%.
Jednocześnie ustawy podatkowe przewidują kilka preferencji podatkowych, których zastosowanie w znaczny sposób może zniwelować niekorzystne podwójne opodatkowanie dochodów.

W przypadku osób fizycznych będących komandytariuszami ustawa o PIT przewiduje następujące sposoby opodatkowania należnej im wypłaty z zysku:

preferencyjne zwolnienie od podatku 50% uzyskanych przychodów, nie więcej jednak niż 60 000 zł w trakcie roku, lub
brak zwolnienia i pełne opodatkowanie.
Zwalnia się od podatku dochodowego kwotę stanowiącą 50% przychodów uzyskanych przez komandytariusza z tytułu udziału w zyskach w spółce komandytowej mającej siedzibę na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej, nie więcej jednak niż 60 000 zł w roku podatkowym.
Komandytariusz zatem może korzystać ze zwolnienia od podatku w wysokości 50% uzyskanego przychodu z tytułu udziału w zyskach spółki komandytowej, nie więcej jednak niż 60 000 zł rocznie. Zwolnienie może być stosowane odrębnie dla każdej spółki, w której podatnik jest komandytariuszem.  Zwolnienie jednak nie ma zastosowania w przypadkach, w których istniejące pomiędzy wspólnikami spółki komandytowej powiązania lub sposób kierowania spółką wskazywać będą na "optymalizacyjny" charakter prowadzenia takiej spółki tj: gdy komandytariusz:
1) posiada bezpośrednio lub pośrednio co najmniej 5% udziałów (akcji) w spółce posiadającej osobowość prawną lub spółce kapitałowej w organizacji będących komplementariuszem w tej spółce komandytowej, lub
2) jest członkiem zarządu:
    a) spółki posiadającej osobowość prawną lub spółki kapitałowej w organizacji będących komplementariuszem w tej spółce komandytowej, lub
    b) spółki posiadającej bezpośrednio lub pośrednio co najmniej 5% udziałów (akcji) w spółce posiadającej osobowość prawną lub spółce kapitałowej w organizacji będących komplementariuszem w tej spółce komandytowej, lub
3) jest podmiotem powiązanym – w rozumieniu przepisów o cenach transferowych – z członkiem zarządu lub wspólnikiem spółki posiadającej bezpośrednio lub pośrednio co najmniej 5% udziałów (akcji) w spółce posiadającej osobowość prawną lub spółce kapitałowej w organizacji będących komplementariuszem w tej spółce komandytowej.

Nieco inaczej przedstawia się kwestia uregulowania opodatkowania dywidend wypłacanych komandytariuszom będącym osobami prawnymi. Wyróżnić można trzy warianty opodatkowania:

• preferencyjne zwolnienie od podatku 50% uzyskanych przychodów, nie więcej jednak niż 60 000 zł w trakcie roku, lub
• pełne zwolnienie z opodatkowania, tzw. zwolnienie dywidendowe, lub
• brak zwolnienia i pełne opodatkowanie.

Zwolnienie 50% przychodów jest zwolnieniem analogicznym jak zwolnienie przewidziane dla osób fizycznych. Zwalnia się bowiem od podatku dochodowego kwotę stanowiącą 50% przychodów uzyskanych przez komandytariusza z tytułu udziału w zyskach w spółce komandytowej mającej siedzibę lub zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, nie więcej jednak niż 60 000 zł w roku podatkowym odrębnie z tytułu udziału w zyskach w każdej takiej spółce komandytowej, w której podatnik jest komandytariuszem. Tożsamo, jak w przypadku osób fizycznych – zwolnienia nie stosuje się do komandytariusza spółki komandytowej w przypadkach, w których istniejące pomiędzy wspólnikami spółki komandytowej powiązania lub sposób kierowania spółką wskazywać będą na "optymalizacyjny" charakter prowadzenia takiej spółki.

Najciekawszym i niewątpliwie najkorzystniejszym jest możliwość zastosowania zwolnienia z podatku (art. 22 ust. 4 ustawy o CIT) tzw. zwolnienia dywidendowego. Możliwość skorzystania z tego zwolnienia w stosunku do komandytariusza potwierdziło Ministerstwo Finansów w piśmie z 3 lutego 2021 r., (nr DD5.054.7.2021), będącym odpowiedzią na interpelacje poselską nr 17368.

W przypadku komandytariusza, korzystającego ze zwolnienia dywidendowego, wypłata zaliczki na poczet zysku nie niesie za sobą konieczności odprowadzenia podatku. Aby skorzystać ze zwolnienia, wymagane jest spełnienie następujących warunków:

• spółka komandytowa wypłacająca zaliczki ma siedzibę w Polsce,
• komandytariusz jest spółką objętą nieograniczonym obowiązkiem podatkowym w Polsce, kraju członkowskim UE lub EOG,
• komandytariusz posiada bezpośrednio przynajmniej 10% udziału w zyskach spółki komandytowej,
• komandytariusz nie korzysta ze zwolnienia z podatku od całości swoich dochodów.

Warunek posiadania udziałów jest spełniony wówczas, gdy komandytariusz posiada przynajmniej 10% udziału w zyskach spółki komandytowej nieprzerwanie przez co najmniej 2 lata. Jednocześnie możliwe jest stosowanie zwolnienia przed upływem tego okresu pod warunkiem, że komandytariusz utrzyma swój udział na wymaganym poziomie przez 2 lata.

Jeżeli natomiast komandytariusz nie spełnia warunków do objęcia go zwolnieniem dywidendowym (np. nie posiada wystarczającego udziału w spółce), to spółka komandytowa, wypłacając mu zysk (lub zaliczkę), powinna pobrać podatek.