Obowiązek prowadzenia gospodarki magazynowej wynika z ustawy o rachunkowości. W związku z powyższym podmioty gospodarcze, które nie prowadzą ksiąg rachunkowych nie są zobowiązane do prowadzenia magazynu.
Obowiązki podmiotów prowadzących podatkową księgę przychodów i rozchodów wynikające z rozporządzenia dotyczącego „Prowadzenia podatkowej księgi przychodów i rozchodów” z dnia 31.12.2019 w zakresie gospodarki magazynowej to m.in.:
- sporządzanie i wpisanie do księgi spisu z natury towarów handlowych, materiałów (surowców) podstawowych i pomocniczych, półwyrobów, produkcji w toku, wyrobów gotowych, braków i odpadów, zwanego dalej "spisem z natury", na dzień 1 stycznia, na koniec każdego roku podatkowego, na dzień rozpoczęcia działalności w ciągu roku podatkowego, a także w razie utraty w ciągu roku podatkowego prawa do opłacania podatku na podstawie ustawy z dnia 20 listopada 1998 r. o zryczałtowanym podatku dochodowym od niektórych przychodów osiąganych przez osoby fizyczne, zmiany wspólnika, zmiany proporcji udziałów wspólników lub likwidacji działalności. Obowiązek sporządzenia spisu z natury na dzień 1 stycznia roku podatkowego nie dotyczy podatników, którzy sporządzili spis z natury na koniec poprzedniego roku podatkowego.
- dokonanie wyceny materiałów i towarów handlowych objętych spisem z natury według cen zakupu lub nabycia albo według cen rynkowych z dnia sporządzenia spisu, jeżeli są one niższe od cen zakupu lub nabycia; spis z natury półwyrobów (półfabrykatów), wyrobów gotowych i braków własnej produkcji wycenia się według kosztów wytworzenia, a odpadów użytkowych, które w toku działalności utraciły swoją pierwotną wartość użytkową, wycenia się według wartości wynikającej z oszacowania uwzględniającego ich przydatność do dalszego użytkowania. Podatnik jest obowiązany dokonać wyceny najpóźniej w terminie 14 dni od dnia zakończenia spisu z natury.
- prowadzenia odpowiedniej dokumentacji w przypadku dokonywania przesunięć (przerzutów) towarów handlowych oraz materiałów podstawowych między zakładami należącymi do tego samego podatnika. W takim przypadku podatnik dokumentuje zdarzenia dowodami wewnętrznymi, zwanymi dalej "dowodami przesunięć". Dowody te sporządza się w dwóch egzemplarzach, z których jeden jest przechowywany w zakładzie, z którego dokonano przesunięcia towaru lub materiału, a drugi - w zakładzie, w którym przyjęto te towary lub materiały.
Warto zwrócić uwagę na fakt, że brak obowiązku prowadzenia gospodarki magazynowej nie oznacza, że przedsiębiorca nie może zdecydować się na jego prowadzenie. W wielu przypadkach jego wdrożenie i stosowanie może przyczynić się do usprawnienia procesu produkcji, zamówień i sprzedaży, utrzymania porządku i bieżącej kontroli nad stanem materiałów i towarów.