Na mocy przepisów ustawy o podatku VAT podstawę opodatkowania obniża się m.in. o:
* kwoty udzielonych po dokonaniu sprzedaży opustów i obniżek cen;
* zwróconą nabywcy całość lub część zapłaty otrzymaną przed dokonaniem sprzedaży, jeżeli do niej nie doszło;

W przypadkach, o których mowa powyżej obniżenia podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej w wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, dokonuje się za okres rozliczeniowy, w którym podatnik wystawił fakturę korygującą, pod warunkiem że z posiadanej przez tego podatnika dokumentacji wynika, że uzgodnił on z nabywcą towaru lub usługobiorcą warunki obniżenia podstawy opodatkowania dla dostawy towarów lub świadczenia usług określone w fakturze korygującej oraz warunki te zostały spełnione, a faktura ta jest zgodna z posiadaną dokumentacją.

W przypadku gdy w okresie rozliczeniowym, w którym została wystawiona faktura korygująca, podatnik nie posiada powyższej dokumentacji obniżenia podstawy opodatkowania dokonuje za okres rozliczeniowy, w którym dokumentację tę uzyskał.

Przepisy nie określają jasno jakie elementy powinno zawierać uzgodnienie. Warunki uzgodnienia uzasadniające obniżenie podstawy opodatkowania i podatku należnego można zawrzeć w:
· umowie określającej, w jakich sytuacjach nabywca uzyskuje prawo do odzyskania części wynagrodzenia;
· regulaminach realizacji sprzedaży lub ogólnych warunkach umowy;
· w trakcie trwania współpracy między stronami (w aneksach do umów, porozumieniach lub innych dokumentach);
· w korespondencji e-mailowej.
W naszej ocenie potwierdzeniem jest również podpis kontrahenta na fakturze korygującej potwierdzający jej odbiór.

Zgodnie z objaśnieniami Ministerstwa podatkowymi „w zależności od przyjętych zwyczajów we współpracy między kontrahentami dokumentacją potwierdzającą uzgodnienie warunków pomniejszenia podstawy opodatkowania i VAT należnego może być zarówno korespondencja mailowa, aneks do umowy, albo inny dokument handlowy potwierdzający uzgodnienie warunków transakcji, w tym potwierdzenie dokonania nabywcy zwrotu zapłaty lub kompensaty skorygowanej wartości transakcji.
W pewnych sytuacjach dokument potwierdzający uzgodnienie warunków transakcji może być łącznie również dokumentem potwierdzającym spełnienie uzgodnionych warunków transakcji.
Przykładowo: zwrot zaliczki za niezrealizowaną dostawę – podatnik zwraca zaliczkę na konto – w tytule wpisuje zwrot za niezrealizowaną dostawę i nr zamówienia. W takim przypadku potwierdzenie otrzymania przez nabywcę zwrotu zapłaty, jeżeli strony nie zawarły żadnych dodatkowych umów, czy warunków korekty będzie w sposób naturalny biznesowo uznane za dokument zawierający zarówno uzgodnienie jak i spełnienie uzgodnionych warunków korekty in minus.”

Powyższe zasady stosuje się odpowiednio w przypadku stwierdzenia pomyłki w kwocie podatku na fakturze i wystawienia faktury korygującej do faktury, w której wykazano kwotę podatku wyższą niż należna.

W przypadku, gdy podstawa opodatkowania uległa zwiększeniu, korekty tej podstawy dokonuje się w rozliczeniu za okres rozliczeniowy, w którym zaistniała przyczyna zwiększenia podstawy opodatkowania.

Warunku posiadania dokumentacji potwierdzającej dokonane uzgodnienia nie stosuje się w przypadku:
* eksportu towarów i wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów;
* dostawy towarów i świadczenia usług, dla których miejsce opodatkowania znajduje się poza terytorium kraju;
* sprzedaży: energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej, gazu przewodowego, usług dystrybucji energii elektrycznej, cieplnej lub chłodniczej, usług dystrybucji gazu przewodowego, usług telekomunikacyjnych oraz usług wymienionych w poz. 24-37, 50 i 51 załącznika nr 3 do ustawy;
* wystawienia faktury korygującej w postaci faktury ustrukturyzowanej.